Parallèlement à ses activités de recherche et d’enseignement, Fatou Sow a contribué à la création, en 1994, d’un Institut annuel sur le genre au Conseil pour le développement des sciences sociales en Afrique (CODESRIA). Elle y a co-édité avec Ayesha M. Imam et Amina Mama, l’ouvrage Engendering African Social Sciences (CODESRIA, 1997), publié en français sous le titre Sexe, genre et société, Engendrer les sciences sociales africaines (Karthala, 2004). Cet institut fonctionne toujours et publie une série intitulée Gender Series. Elle y a dirigé, en 2011 un programme sur « Culture, religion et politique » dont les travaux seront publiés au début de 2013.

Fatou Sow a également développé des relations scientifiques avec plusieurs universités, centres de recherches et organisations féministes, au niveau africain et international. Elle a été la coordinatrice pour l’Afrique francophone de DAWN (Development Alternatives for Women in a New Era), un réseau de féministes du Sud dont les recherches ont servi au lobbying auprès des institutions internationales. Présidente du Réseau de recherche en santé de la reproduction en Afrique francophone (1994-1996), elle a dirigé, avec Codou Bop, Notre corps, notre santé. Santé et sexualité des femmes en Afrique subsaharienne (L’Harmattan, 2004), un ouvrage de vulgarisation inspiré du fameux Our Bodies, Ourselves, du Collectif de Boston (USA). Elle a récemment codirigé Le sexe de la mondialisation. Genre, classe, race et nouvelle division du travail (Presses de Sciences Po, 2010).

Retraitée de l’Université, elle est, depuis 2008, la coordinatrice du réseau de recherche Women Living Under Muslim Laws, implanté en Asie, Afrique et Moyen-Orient, dont le siège est à Londres.